Die gegen Kriegsende zunehmend schlechter werdende Versorgungslage begünstigte Krankheit und Tod. Ab Mitte April 1945 trafen zunehmend Evakuierungstransporte aus anderen Lagern in Dachau-Allach ein. Sie erweckten selbst bei abgestumpften Häftlingen das Grauen. So berichtet Riemer u. a. über einen Transport aus dem KZ-Buchenwald nach Allach: „Am Ende ihrer Kräfte angelangt, wankten und schwankten sie daher, einzeln, zu zweien oder dreien aneinander gelehnt, Gerippe, deren Knochen mit Pergament überspannt schienen. Schemen des Hungers, gegen welche die Darstellungen einer Käte Kollwitz harmlose Karikaturen waren, Todgeweihte, die kaum noch die Kraft besaßen, Fuß vor Fuß zu setzen. (...) Und diese armen, an der Grenze des Lebens taumelnden Geschöpfe wurden noch mit Kolbenhieben von ihren Begleitmannschaften angetrieben! Wir waren so empört, dass wir darüber unsere eigene Situation vergaßen und ihnen über den Zaun zuriefen, dass wir sie alle aufhängen würden, sollten wir noch einmal frei werden. Ein Hohngelächter antwortete uns ... aber es ist vierzehn Tage später in den Wäldern am Tegernsee im Blut erstickt.“ 1) Die für diesen Transport berichteten 300 Toten, die in den Waggons auf dem Bahnhof Karlsfeld verblieben, wurden nach Häftlingsberichten zwar offiziell registriert, weitere Unterlagen dazu sind jedoch nicht erhalten geblieben.

Der Typhusepidemie ab Mitte April 1945 fielen etwa 240 KZ-Häftlinge zum Opfer. Der von der 7. US-Army eingesetzte Lagerkommandeur 1st. Ltd. Charles C. Snyder stellte deshalb das gesamte Außenlager bis 28. Mai 1945 unter Quarantäne. Bereits vorher gab es immer wieder Fleckfieber, Ruhr und TBC sowie andere Krankheiten im Lager. Die in den Totenmeldungen am häufigsten angegebene Todesursache Herz- und Kreislaufversagen war Folge dieser Krankheiten.

Die Behandlung der Epidemien gegen Kriegsende fand praktisch ohne Medikamente statt. Schwerkranke mussten nach Dachau überstellt werden, die von dort in der Regel nicht mehr zurückkehrten. 2) Als Schwerkrank galt ein Häftling, der länger als 3 Monate krank war. War dies festgestellt, wurde er nach Dachau überstellt, um dort in der „Sterbebaracke“ auf seinen Tod zu warten oder für den „Transport“ nach Hartheim oder Auschwitz selektiert. Dies war der wesentliche Grund, warum viele Häftlinge trotz schwerer Krankheit weiterarbeiteten und ihre Krankheit verheimlichten. 
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1) Hermann Riemer schildert hier die Ankunft des Buchenwalder Transportes aus dem Außenlager Laura-Saalfeld vom 19.4.1945 im KZ-Außenlager Dachau-Allach. Vgl. ITS 1.1.6.1\0001-0189\0135\0013 und ITS 1.1.6.1\0001-0189\0135\0005.
2) Vgl. dazu den Bericht von Johannes Drost vom 2.11.1946 in: Nederlands Institut voor Oorlogsdocumentatie, archiv 250d, Kampen en Gefangenissen, inv. no. 503.